Дебютом для Пэ Ён Джуна стал фильм PpilKu в 1994 году. А позже он принял участия в таких телесериалах как «Salut D’Amour» и «Six Steps to Separation».
Впервые получить признание критиков Пэ удалось после появления во второстепенной роли в сериале «Sunny Place of the Young», где он играл роль наследника косметической компании и лучшего друга главного героя, роль которого исполнил Ли Джон Вон. Его следующей примечательной работой стал сериал «First Love», где он сыграл роль Чхан Ву, умного молодого человека с загадочным прошлым, который бросает юридическую школу, чтобы присоединиться к банде преступников и отомстить за свою семью.
После 1999 года, Пэ Ён Джун решил на время отойти от актёрской деятельности, чтобы сосредоточиться на своём образовании в университете Сонгюнгван, где его специальностью было киноведение.
В 2001 он вернулся на «малый экран» с сериалом «Хотельер». А на следующий год снялся в сериале «Зимняя соната», который принёс ему популярность по всей Азии. Несмотря на то, что это была теледрама, а не кинофильм, в Японии её посмотрело около 20% населения. Такая популярность позволила актеру и его партнёрше по сериалу Чхве Чжи У поменять место своей основной актёрской деятельности с Кореи на Японию. Другие корейские фильмы и сериалы пользовались также значительной популярности на волне успеха «Зимней сонаты». Роль Кан Чжун Сана из «Зимней сонаты» сделала Пэ Ён Джуна главной фигурой так называемой «Корейской волны».
Значительно прибавила ему популярности в Японии и Юго-Восточной Азии роль Човона в фильме Скрываемый скандал.